Esta formación geológica corresponde al fenómeno Kárstico denominado "Dolina" originado por la transformación de los depósitos subterráneos de yeso que, por efecto de las filtraciones y napas freáticas producen una disolución del mineral y se forman enormes cavernas debajo de la superficie, los terrenos se van hundiendo lentamente, originando un constante crecimiento de los característicos conos.
El Pozo de las Ánimas está ubicado junto a la Ruta Provincial Nº 222, cerca del arroyo Las Amarillas, se trata en realidad de dos depresiones, divididas entre sí por una frágil separación. El primero de ellos, que se enfrenta con el acceso es una enorme cavidad que se encuentra detenida en su proceso de erosión, en sus paredes se han ido fijando algunos vegetales, su fondo se encuentra cubierto de agua, donde se puede observar los constantes cambios de nivel del líquido a juzgar por las marcas que quedan impresas. El segundo pozo es de características impresionantes, por su tamaño y por los constantes derrumbes que se producen, con sus paredes cortadas a pique, que deja ver grandes piedras casi colgadas a punto de caer en las heladas aguas que cubren su lecho, donde es posible observar algunos patos, que parecen sólo puntos debido a la profundidad. El avance que ha experimentado en los últimos tiempos la dolina, se puede distinguir a través de la valla de contención que fue colocada para evitar accidentes y que en la actualidad se encuentra prácticamente en el filo mismo de la dolina.
De acuerdo a relatos de gente del lugar se habrían realizado varios intentos de descenso hasta el borde del agua, algunos de ellos con éxito, pero aparentemente no han quedado registrados.
El 19 de diciembre de 1.981 un equipo dirigido por Rodolfo Rogelio Rocha, integrado por buzos, científicos, gendarmes, deportistas, periodistas, lograron realizar con éxito el descenso de 12 personas a la laguna, trasladaron un bote de goma y equipos de buceo con el fin de realizar estudios científicos en el lugar.
De los resultados de dichos estudios se pudo determinar el diámetro del pozo mayor, aproximadamente 200 metros, la profundidad hasta el agua es de unos 80 metros y la profundidad del agua alrededor de 21 metros desde el nivel de agua y el fondo del cono.
El pozo de las Ánimas está rodeado por serranías donde, al golpear, el viento produce una especie de silbido que da origen a distintas leyendas transmitidas por los viejos pobladores, con toda su carga de misterio y superstición.
El pozo era denominado por los indios Trolope-Co, (agua de los muertos o agua del gritadero de las ánimas), y la tradición cuenta que es el lugar donde van a rezar y llorar las almas que andan en pena por las montañas.
Como era común entre los pueblos que habitaban de uno y otro lado de la Cordillera de los Andes, se había producido una diferencia en las relaciones y un grupo del lado chileno, gente de costumbres aguerridas, estaban persiguiendo a un reducido número de pobladores de la zona de Los Molles.
La noche fue extendiendo su manto y ya en plena oscuridad los perseguidos advirtieron que no se oían mas los gritos de sus enemigos, luego de tomar recaudos, por si se trataba de una treta de sus rivales, retornaron hasta sus moradas, dando algunos rodeos.
Al día siguiente, con las primeras luces, volvieron al lugar hasta donde había finalizado la persecución y retomaron sobre sus pasos del día anterior, a poco de andar comenzaron a oír algunos sonidos de lamentos que les llamó la atención.
Con cautela continuaron avanzando y con gran sorpresa se encontraron con dos enormes pozos que se habían hundido bajo los pies de sus perseguidores, en el fondo se encontraba los cuerpos comenzaron a oír algunos sonidos de lamentos que les llamó la atención.
Con cautela continuaron avanzando y con gran sorpresa se encontraron con dos enormes pozos que se habían hundido bajo los pies de sus perseguidores, en el fondo se encontraba los cuerpos moribundos de sus enemigos y los gemidos que surgían de las profundidades asustaron a los observadores, quienes desde ese momento veneraron la formación que los había salvado dándole el nombre de lugar en que lloran las ánimas.
Esta formación geológica, técnicamente denominado Dolina, es originada por la transformación de los depósitos subterráneos de yeso que, por efecto de las filtraciones y napas freáticas forman enormes cavernas debajo de la superficie. Con el tiempo los terrenos se van hundiendo lentamente, originando un constante crecimiento de los característicos conos.